在成本上，目前燃料電池在美國大概是每千瓦1500美元一2000美元，而國內100瓦的燃料電池也需要1萬元人民幣。通常來講，筆記本電腦和手機分別需要20瓦和1.5瓦的電池。燃料電池所需要的催化劑非常昂貴，也使得燃料電池在成本上尚無法和銼電池和鏗聚合物電池相抗衡。

另外，小型化也是燃料電池的關鍵瓶頸之一，由于燃料電池是一個電池系統，需要燃料盒等輔助部件，因此如何將燃料電池的輔助部件整合到電池系統中去，同時又不致于過多地增加功耗、尺寸和重量，也是個不小的難題。更何況，燃料電池的燃料甲醇也因其為有毒物質，不少地方還是禁止帶上飛機。可以說任何人對這些問題中的任何一點的突破，都將預示著大筆的財富（知識產權）將會在未來得到兌現。

另外，由于燃料電池取代銼電池還不切實際，不少專家認為，結合銼電池和直接甲醇燃料電池的混合式供電系統將成為未來便攜式電子產品的主流。比如臺灣勝光科技產品技術處的處長claivnSuh解釋為，電池供電有兩種基本特性。一是能量密度，一是功率密度。

由于燃料電池就好像一臺微型發電機一樣，它的能量密度較高，能夠長時間穩定地供電。不過，它的功率密度較低，又必須借助銼電池供電。而且，燃料電池可以在手機處于空閑狀態時給鏗離子電池充電。索尼鏗電池之父西美緒同時也提醒，混合型電池系統的一個必要前提便是，必須成功降低燃料電池的生產成本。

杜邦燃料公司預測，2007年燃料電池市場將真正啟動。市場研究機構ABIReseareh的報告也指出，2004年到2006年將是燃料電池原型展示、產業供應鏈形成的階段，2006年至2008年則開始有早期采用的產品出現，包括筆記本電腦和手機等。到2008年，就將進人到甲醇燃料電池大量生產的階段，市場開始正式起飛。AIB甚至預測，2008年燃料電池的出貨量將達到4000萬個。