成本

燃料動力電池發展的重要障礙就是成本高、制氫過程復雜。氫氣通過電解或蒸汽重組的方法得到。不過這兩種方法成本頗高，制造同樣質量的天然氣所需的成本為制氫的1/2甚至1/3。

鋰離子電池生產成本相對較低，此外其重復充電利用非常方便，相比其他可攜帶能源，其具有更高的成本效益。

環境影響

兩者對環境的污染都很小。因為燃料動力電池是燃燒產物為水，不會大量出現污染環境的物質，而鋰離子電池的放電產物可能由氧化鋰、氫氧化鋰等，對環境也不會造成影響。此外，鋰離子電池可重復利用。可能就是因為這些原因，使得這兩種電池成為目前最受歡迎的電動汽車動力源。

材料

燃料動力電池中利用聚合物膜作為電極，支持氫氧反應后出現電能。聚合物膜必須經過特殊加工，以承受高溫和機械應力。

鋰離子電池中的鋰離子能夠吸附電荷，因此電池才擁有儲電能力。鋰離子的質量很輕，因此是汽車理想的動力源。

潛力

無論燃料動力電池還是鋰離子電池，相關的技術均還有大量進步的空間。假如燃料動力電池的成本能夠降低，則能夠真正作為汽油/柴油燃料的替代能源。

關于鋰離子電池來說，假如其能量密度能夠進一步提高，循環壽命能夠更長，則也是一種非常優秀的驅動能源。