燃料動力電池的種類按不同的方法可大致分類如下：

1.按燃料動力電池的運行機理分。

分為酸性燃料動力電池和堿性燃料動力電池。

2.按電解質的種類不同，有酸性、堿性、熔融鹽類或固體電解質。

因此，燃料動力電池可分為堿性燃料動力電池（AFC）、磷酸燃料動力電池（PAFC）、熔融碳酸鹽燃料動力電池(MCFC)、固體氧化物燃料動力電池（SOFC）、質子交換膜燃料動力電池（PEMFC）等。

3.按燃料類型分。

有氫氣、甲醇、甲烷、乙烷、甲苯、丁烯、丁烷等有機燃料，汽油、柴油和天然氣等氣體燃料，有機燃料和氣體燃料必須經過重整器"重整"為氫氣后，才能成為燃料動力電池的燃料。

4.按燃料動力電池工作溫度分。

有低溫型，溫度低于200℃；中溫型，溫度為200～750℃；高溫型，溫度高于750℃。

另一類是在高溫（600～1000℃）下工作的燃料動力電池，例如熔融碳酸鹽燃料動力電池（MCFC）和固體氧化物燃料動力電池（SOFC），這類的燃料動力電池不要采用貴金屬作為催化劑。但由于工作溫度高，要采用復合廢熱回收裝置來利用廢熱，體積大，質量重，只適合用于大功率的發電廠中。