國家補貼是影響新能源汽車發展的重要因素之一，作為發展重點的燃料電池汽車，國家部委及各地也頒布了一系列相關補貼政策。

國家部委

2018年2月13日，財政部、工信部、科技部、國家發改委聯合發布了《關于調整完善新能源汽車推廣應用財政補貼政策的通知》，通知明確了燃料電池汽車的補貼標準。

燃料電池乘用車按照搭載燃料電池系統的額定功率進行補貼，燃料電池客車、貨車采取定額補貼。其中乘用車補貼標準為6000元/kW，補貼上限為20萬元/輛；輕型客車和貨車的補貼上限為30萬元/輛；大中型客車和中重型貨車的補貼上限為50萬元/輛。

四部委于2019年3月26日發布《關于進一步完善新能源汽車推廣應用財政補貼政策的通知》，2019年3月26日至2019年6月25日為過渡期，過渡期期間銷售上牌的燃料電池汽車按2018年對應標準的0.8倍補貼。過渡期結束后的燃料電池汽車補貼政策另行公布。

北京

2018年7月，北京市財政局、北京市科學技術委員會、北京市經濟和信息化委員會聯合發布了《關于調整完善北京市新能源汽車推廣應用財政補助政策的通知》。通知中提到，對新能源汽車（純電動汽車、燃料電池汽車）按照中央與地方1：0.5比例安排市級補助。

上海

2018年5月21日，上海市科學技術委員會、上海市發展和改革委員會、上海市經濟和信息化委員會、上海市財政局聯合發布了《上海市燃料電池汽車推廣應用財政補助方案》，按照中央財政補助1：0.5給予上海市財政補助。燃料電池系統達到額定功率，不低于驅動電機額定功率的50％，或不小于60kW的，按照中央財政補助1：1給予上海市財政補助。

重慶

重慶市財政局于2018年6月20日發布了《重慶市2018年度新能源汽車推廣應用財政補貼政策》，政策顯示，燃料電池汽車約按照同期國家標準的40％進行補貼。

廣東

2018年1月25日，廣東發布了《關于做好廣東省新能源汽車推廣應用地方財政補貼工作的通知》。通知提到，燃料電池汽車地方補貼不超過國家補貼，各市根據本地實際情況確定本地區具體補貼標準，且各級財政補貼資金單車的補貼總額（國家補貼加地方補貼），最高不超過車輛銷售價格（國家補貼＋地方補貼＋消費者支付金額）的60％。

海南

2018年4月3日，海南省轉發四部委發布的《關于調整完善新能源汽車推廣應用財政補貼政策的通知》，同時表示，海南新能源汽車車輛購置地方財政補貼標準繼續按中央財政同期補貼標準的1：0.5執行，其中，省、市縣兩級財政各承擔50％。

云南

2018年9月5日，云南省人民政府發布了《云南省加快新能源汽車推廣應用工作方案》，方案表示，云南省財政按照中央財政同期補貼標準，對省內上牌的新能源汽車配套補貼25％，州、市財政再配套補貼25％。